A governança corporativa define a forma pela qual a empresa é dirigida, administrada ou controlada. No caso da Coocafé, por se tratar de uma cooperativa, algumas regulamentações estatutárias devem ser obedecidas. Sendo assim, a estrutura administrativa da Coocafé é composta de:

Assembleia Geral - é o órgão máximo de uma cooperativa, onde é decidido o destino da organização. À Assembleia Geral estão subordinados os Conselhos de Administração e Fiscal.

Conselho de Administração - composto por 6 membros eleitos em Assembleia Geral Ordinária (AGO), com mandato para 4 anos. Dentre os 6 conselheiros eleitos, são escolhidos 3 para a Diretoria Executiva. O conselho se reúne obrigatoriamente uma vez por mês, junto com os diretores, para acompanhar as atividades da organização. Nessas reuniões, são definidos os direcionamentos necessários para o trabalho da diretoria.

Conselho Fiscal - composto por 6 membros, sendo 3 efetivos e 3 suplentes, também eleitos em Assembleia Geral, porém com mandato para 1 ano. O referido conselho tem a função de acompanhar e fiscalizar os trabalhos realizados pelo Conselho de Administração, reunindo-se obrigatoriamente uma vez por mês, além de visitar constantemente as filiais.

A prestação de contas da Coocafé é feita anualmente na AGO, quando é apresentado aos associados o Balanço Econômico Anual, sendo este acompanhado por uma empresa de auditoria independente. Todas as diretrizes, plano de metas e relatórios são discutidos durante a Assembleia.